一向“温柔”的顺治皇帝也终于对这个黄毓祺起了杀心。
顺治终于下决心签署了对这个该死的汉族文人的通缉令，当然这个政令不光是针对黄毓祺一人的，这份通缉令中还包括他的九族。
黄毓祺跑路了，跑的很匆忙，连一个家属都没带着。其门下数千人遭到了连累，他的三个儿子及许多兄弟都被官府抓进牢中。
但是黄家人的硬骨头让官府非常的挠头，无论怎么打也绝不吐露黄毓祺的行踪。特别是黄毓祺的长子黄大湛，因为其年长，所以黄毓祺能去的地方，他都最清楚了，但是他咬紧了牙关，一个字也不说，这也保护了许多人。可是却也再次激怒了顺治帝。
顺治帝下了死命令，一定要捉住黄毓祺。
黄毓祺的日子变得异常艰苦，他曾以“张睢， “赵渔”，“王梦白”，“太白行者”四度化名，到后来甚至还做了乞丐，沿路乞讨逃亡在江北。
在将近两年的逃亡生涯中，黄毓祺什么都忍受了，但是他无法忍受的是朋友的出卖。他的老朋友张纯一、张士俊最终出卖了他。
黄毓祺于顺治六年被捕，下了海陵狱。
廉使夏一鹗曾想让黄毓祺招出更多的乱党，并承诺可以保住其性命。可是遭到黄毓祺断然拒绝。夏一鹗勃然大怒，发狠拷打黄毓祺。当然，这一切都是顺治皇帝的授权。
黄毓祺被折磨的只剩下一口气了，但是仍旧是铁骨铮铮，毫不退缩，一字不招，连夏一鹗都感到无可奈何了，便问他你到底想怎么样？